1、南疆特色果树高效优质栽培与深加工技术国家地方联合工程实验室  
2、新疆生产建设兵团塔里木盆地生物资源?；だ帽胖氐闶笛槭摇沂〔抗步ㄅ嘤? 
3、兵团塔里木畜牧科技重点实验室  
4、南疆特色果树生产工程实验室  
5、南疆特色农产品深加工兵团重点实验室  
6、现代农业工程重点实验室  
7、兵团人文社科重点研究基地—西域文化研究院  
8、自治区人文社科重点研究基地—非传统安全与边疆民族发展研究院  
9、农业部西北区域农业微生物资源利用科学观测实验站  
10、农业部阿拉尔作物有害生物科学观测站  
11、农业部农产品质量安全风险评估实验站